La asamblea general es el órgano máximo de administración de FEDEAN; sus decisiones son obligatorias para todos los asociados siempre que se hayan adoptado de conformidad con las normas legales estatutarias y reglamentarias; la asamblea general la conforma la reunión, debidamente convocada, de los asociados hábiles o de los delegados elegidos directamente por estos.

Ejercerá las funciones de vigilancia social fijada en el estatuto, en defecto o como complemento de esta, se aplicará las establecidas en la legislación para fondos de empleados, también tendrá a su cargo controlar los resultados sociales y procedimientos para el logro de dichos resultados, así como los derechos y obligaciones de los asociados de FEDEAN.

Es un ente de control externo que acompaña de forma integral a la administración en pro de garantizar un funcionamiento eficiente y eficaz de FEDEAN mediante la aplicación de la normatividad y requerimientos técnicos dispuestos por la Superintendencia de la Economía Solidaria. A cargo se encuentra la firma SERFISCAL LTDA del grupo corporativo ANALFE (Asociación Nacional de Fondos de Empleados).

FEDEAN cuenta con un comité de apelaciones, conformado por tres asociados o delegados hábiles y sus respectivos suplentes numéricos; los cuales son elegidos por la asamblea general.  Ten presente que dicho Comité servirá de segunda instancia para las sanciones previstas en el Estatuto en el régimen disciplinario: además, es un recurso con el que cuenta el asociado como última instancia luego de haber cumplido con los conductos regulares del Fondo en caso de no requerir una respuesta satisfactoria por parte de la administración.